洁净室和洁净车间的空间设计应满足产品生产工艺和空气洁净度等级的要求。合理安排和布置生产洁净区、人员净化、物料净化、工艺设备及相应的物料供应管道、净化空调系统及各种公用动力设施和管道是洁净室空间设计的主要任务。在设计空间时，应仔细考虑清洁生产区与相关辅助生产区的关系，使空间布局有效而灵活。
对于送风、回风、排风管道及各种水、气、电管道布置在天花板以上或地板以下的一般洁净室，需要在以垂直单向流为主的洁净室中设置必要的空间。一是在选择气流组织、空调和空气过滤器的前提下，合理有效地安排洁净室的空间。在洁净室设计中，尤其是单向流洁净室设计中，气流组织、空调设备和布局方案的选择是决定洁净室空间的关键。
在一般的建筑设计中，空调是建筑的辅助设备。只是对建筑进行补充和完善的功能性设备，但洁净车间的空调设备才是实现空气洁净度的主要功能性设备。当然，对于工业洁净室来说，生产工艺设备、工具和产品所需的纯水、纯气、高纯化学品和稳定的电源也是生产洁净厂房产品的重要条件。
