洁净室的气流是影响洁净室性能的重要因素。一般洁净室的气流速度在0.25-0.5m/s之间，属于微风区，容易受到人和机器动作的干扰。虽然提高风速可以抑制这种扰动的影响，保持洁净度，但风速的提高会影响运行费用的增加。因此，当达到要求的洁净度水平时，应以最合适的风速向以下位置送风
另一方面，为了达到洁净室洁净度的稳定效果，保持均匀的气流也是一个重要因素。如果不能保持均匀的气流，就说明风速不一样，特别是在墙面上，气流会沿着墙面打旋，这个时候要达到高洁净度其实是很难的。
为了在垂直层流方向上保持均匀的气流，有必要：(a)吹送空气的速度不应有差异；(b)地板回风板吸力面的风速不得不同速。速度过低或过高(0.2m/s、0.7m/s)时会产生涡流，而0.5m/s时气流相对均匀(21世纪80、90年代)，一般洁净室的风速在0.25-0.5m/s之间。
影响洁净室气流的因素很多，如工艺设备、人员、洁净室装配材料、照明灯具等。同时，还应考虑生产设备上方气流的分流点。
一般操作台或生产设备表面的气流分流点应位于洁净室空间与隔板距离的2/3处，使气流从工艺区内部流向操作区，带走粉尘。如果分流点布置在工艺区的前面，就会变成气流分流不当。此时大部分气流会流向工艺区后面，操作者操作产生的粉尘会被带到设备后面，从而污染工作台，成品率必然下降。
房间内无尘工作台等障碍物会在连接处产生涡流现象，周围的洁净度会相对较差。在工作台上钻回气孔将涡流现象降到最低。组装材料的选择是否合适，设备的布局是否完善，也是气流是否成为涡流现象的重要因素。
