净化车间压差控制的基本原理是控制送风量、回风量和排风量。当送入净化车间的风量适当大于回风量和排风量时，室内可以保持一定的正压值。此时，在室内外静压差的作用下，通过松散围护结构向外泄漏的风量与进出机械的风量之差相等。
压差维持的难点在于机械送风量和出风量的动态变化。对于洁净空调系统，过滤器积聚的灰尘会增加新风和送风管道的阻力，影响风量，排风设备的开启和停止也会导致排风量的变化。此外，与走廊、室外相邻也会因热压、风压的变化而影响房间的压差。因此，需要经常检查洁净室的压差，并相应调整新、送、回、排风通道的阀门。
维持压差的控制措施有：(1)回风口控制，即通过改变回风口上的百叶可调格栅或阻尼层的阻力来调节回风量，从而控制室内压力。这是最简单的控制方法，特点是结构简单，经济。格栅控制调节方便，但格栅不易密封，调节范围不大，也会影响气流方向。一般采用初效泡沫塑料或初效无纺布作为阻尼层，通过改变回风口的阻力来调节回风量，从而控制室内外洁净室的压差。随着阻尼层使用寿命的增加，其阻力增大，室内正压趋于增大，应定期清洗，阻尼层可重复使用。(2)余压阀控制：手动或自动调节余压阀上的平衡压块，改变压力阀的阀开度，实现室内压力控制。余压阀一般位于洁净室的背风墙上。采用这种措施时，洁净室中应有足够的剩余正压。如果排气量发生变化，应重新调整余压阀。余压阀安装简单，但长期使用后关闭不严密。如果余压阀全关时室内正压值仍低于要求值，则需要用其他方法控制控制室内部压差。(3)根据检测到的室内压力值调节回风阀或排风阀，调节回风管(或排风管道)上的电动阀，改变回风量(或排风量)，控制洁净室的压力值。(4)差压变送器控制，通过差压变送器检测室内压力，然后调节新风量，开启(降低)新风(OA)管道上的电动阀(MD)。
